Aly Cissokho a été formé de 2006 à 2008 au FC Geugnon. Lorsque le club est relégué en 3ème division, il tente sa chance au Portugal au Vitoria Setubal. Performant, il est très vite remarqué par le FC Porto et Aly Cissokho est transféré au sein du club prestigieux six mois plus tard lors du mercato hivernal.
Lorsque le latéral gauche est recruté en 2009 par l’Olympique Lyonnais, il ramène dans ses valises un titre de champion du Portugal et une coupe du Portugal. Son prix sur le marché se compte alors en millions d’euros.
Aly Cissokho a signé avec l’OL pour 5 ans, il est arrivé au club en même temps qu’un ancien coéquipier du FC Porto : Lisandro Lopez. Depuis, il a disputé plus d’une centaine de matches sous le maillot lyonnais.
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